Le mot vient du latin murra ou myrrha, lui-même emprunté au grec, l'étymon étant certainement une racine sémitique mrr contenant l'idée d'amertume (une des composantes de l'odeur de la myrrhe).
L'histoire de la myrrhe est aussi ancienne que celle de l'encens. Les Égyptiens la connaissent depuis quatre millénaires et en faisaient un des composants du kyphi. Elle était également utilisée dans les embaumements. La myrrhe fait également partie des cadeaux apportés à Jésus par les mages. Les Grecs ont fait un grand usage de la myrrhe, allant jusqu'à en parfumer leur vin.